Um dos mais antigos do Estado, o cemitério São João Batista, em Cáceres, está proibido de realizar sepultamentos em seu subsolo. Estão autorizados apenas entumulamentos – sepultamentos acima do nível do terreno. A medida é uma determinação judicial em atendimento a uma recomendação da Secretaria de Estado do Meio Ambiente (Sema). O objetivo é evitar que, no período das chuvas, a água do cemitério, com resquícios humanos, seja filtrada para poços artesianos dos bairros e até mesmo escoada para o rio Paraguai, através do córrego do Lavapés, localizado a menos de 500 metros do local.

De acordo com explicação de um engenheiro da Sema, em razão do lençol freático aflorante do local, os moradores, principalmente, do bairro Cidade Alta, ficam sujeitos ao contato e até consumo de água contaminada, no período chuvoso, porque a água do cemitério se mistura com a dos quintais e até poços semi-artesiano de alguns moradores. Além disso, que, automaticamente, corre para o rio Paraguai.

O decreto governamental nº 252 de 8 de julho de 2009, assinada pelo prefeito Túlio Fontes além de impedir os sepultamentos abaixo do nível do terreno, determina a coleta dos resíduos sólidos não humanos do cemitério, utilizados na exumação dos corpos tais como: urnas e materiais descartáveis, como luvas, sacos plásticos ou quaisquer outros relacionados à operação, dando a estes tratamentos iguais aos resíduos gerados pelos serviços de saúde municipal.
Autoriza ainda as secretarias de Administração e Obras e Serviços Urbanos, a tomarem todas as providências para proceder à recuperação dos túmulos danificados e a implantação de rede de drenagem de águas superficiais, a fim de atender as normas que regem o caso. Em especial as ambientais, observando os trâmites legais, bem como a dar fiel cumprimento aos termos do decreto.

O cemitério São João Batista é um dos mais antigos do Estado. Não existe um documento que comprove a data de sua instalação. Porém, no local encontram-se sepulturas datadas de 1.888.