A Justiça Militar do Estado de Mato Grosso do Sul é exercida:

- Em Primeira Instância, pelo juiz auditor e pelos Conselhos da Justiça;
- Em Segunda Instância, pelo Tribunal de Justiça.

É de responsabilidade da Justiça Militar, processar e julgar os crimes militares praticados pelos oficiais e praças da Polícia Militar do Estado e seus assemelhados, seguindo as leis regulamentadas pelo Código de Organização e Divisão Judiciárias, pelo Código Penal Militar e pela Lei de Organização Judiciária Militar.

Para a administração da Justiça Militar há uma Auditoria, com sede na Capital e jurisdição em todo o Estado, composta por:

- Juiz auditor;
- Escrivão;
- Escrivão substituto;
- Escrevente judicial;
- Oficial de justiça.

De acordo com a lei, trabalham como auxílio à Auditoria da Justiça Militar:

- Promotor de justiça;
- Defensor público.

A função de Juiz Auditor Militar será exercida por juiz de direito de entrância especial.

Os Conselhos de Justiça têm as seguintes categorias:

- Conselho Especial de Justiça, para processar e julgar os oficiais, exceto o Comandante-Geral;
- Conselho Permanente de Justiça, para processar e julgar os acusados que não são oficiais;
- Conselho de Justiça, nas unidades, para processar e julgar deserção de praças.

Os Conselhos Especiais de Justiça serão constituídos por um juiz auditor e de quatro oficiais de patente superior ao do acusado, ou da mesma, porém de maior antiguidade, sob a presidência de um oficial superior mais graduado ou mais antigo que os demais.

Os Conselhos Permanentes de Justiça serão constituídos do juiz auditor, de um oficial superior, como presidente, e de três oficiais até a patente de capitão.

Os Conselhos de Justiça nas unidades são constituídos por um capitão, como presidente, e de dois oficiais de menor patente, sendo relator o que seguir hierarquicamente o presidente, servindo de escrivão um sargento designado pela autoridade que houver nomeado o Conselho.

Os juízes militares dos Conselhos Especiais e dos Permanentes são escolhidos por sorteio procedido, em audiência pública, pelo juiz auditor:

- Trimestralmente, em sessão do mesmo Conselho, para a constituição do Conselho Permanente, que funcionará durante três meses consecutivos.

- Em cada processo de oficial, para a composição do Conselho Especial, que se dissolverá depois de concluído o julgamento, reunindo-se novamente, por convocação do juiz auditor, havendo nulidade do processo ou julgamento, ou diligência determinada pelo Tribunal de Justiça.

Em suas faltas ou impedimentos, o Juiz Auditor Militar será substituído por juiz substituto indicado pelo Conselho Superior da Magistratura e, na falta deste, por um dos juízes das varas criminais da Capital, de acordo com o que for estabelecido por Resolução do Tribunal de Justiça.