Após o fechamento da primeira fase da 36ª Edição da Copa São Paulo de Futebol Júnior, os classificados como campeões foram Comercial/SP no Grupo A, Santos/SP no Grupo B, Criciúma/SC no Grupo C, Campinas/SP no Grupo D, Goiás no Grupo E, Noroeste no Grupo F, Iraty/PR no Grupo G, Ituano/SP no Grupo H, Grêmio/RS no Grupo I, Santo André no Grupo J, Vila Nova/GO no Grupo K, Internacional no Grupo L, Corinthians/SP no Grupo M, Atlético/MG no Grupo N, ECUS/SP no Grupo O, Nacional/SP no Grupo P, São Paulo/SP no Grupo Q, Corinthians/AL no Grupo R, União São João no Grupo S, Palmeiras B/SP no Grupo T, Rio Branco/SP no Grupo U e Paraná Clube/PR no Grupo V.

As dez equipes que se classificaram pelo índice técnico foram Marília/SP, Fluminense/RJ, Angra dos Reis/RJ, Madureira/RJ, Barueri/SP, Ferroviária/SP, Vitória/BA, Palmeiras/SP, Taubaté/SP e Atlético Sorocaba/SP. O América/SP perdeu 12 pontos no TJD da Federação Paulista de Futebol por utilizar jogador de forma irregular e foi eliminado da competição.

A Segunda Fase então ficou com os seguintes jogos:
Partida 01 - 15/01 - 16h - Ribeirão Preto - Estádio Palma Travassos - Comercial/SP x Santos/SP (TV Cultura)
Partida 02 - 15/01 - 16h - Louveira - EM José S. Nunes - Criciúma/SC x Campinas/SP
Partida 03 - 16/01 - 16h - Bauru - Estádio DR Alfredo de Castilho - Goiás/GO x Noroeste/SP
Partida 04 - 15/01 - 15h - Votorantin - EM Votorantin - Iraty/PR x Ituano/SP
Partida 05 - 15/01 - 15h - Barueri - EM Orlando B. Novelli - Grêmio/RS x Santo André/SP
Partida 06 - 16/01 - 11h - Osasco - EM José Liberati - Vila Nova/GO x Internacional/RS (Rede Vida)
Partida 07 - 16/01 - 18h10 - Araraquara - Estádio da Fonte Luminosa - Corinthians/SP x Marília/SP (TV Cultura)
Partida 08 - 16/01 - 14h - São Bernardo do Campo - EM 1º de Maio - Atlético/MG x Fluminense/RJ
Partida 09 - 16/01 - 16h - Suzano - EM Francisco M. Figueira - ECUS/SP x Angra dos Reis/RJ
Partida 10 - 15/01 - 16h - Capital - Estádio Nicolau Alayon - Nacional/SP x Madureira/RJ
Partida 11 - 16/01 - 16h - Taubaté - Estádio Joaquinzão - São Paulo/SP x Barueri/SP (ESPN)
Partida 12 - 16/01 - 16h - Araraquara - Estádio da Fonte Luminosa - Corinthians/AL x Ferroviária/SP (TV Cultura)
Partida 13 - 16/01 - 16h - Araras - Estádio Hermínio Ometto - União São João/SP x Vitória/BA
Partida 14 - 16/01 - 11h10 - Capital - Estádio Palestra Itália - Palmeiras B/SP x Palmeiras/SP (TV Cultura)
Partida 15 - 15/01 - 15h - Americana - Estádio Décio Vitta - Rio Branco/SP x Taubaté/SP
Partida 16 - 16/01 - 09h - Osasco - EM José Liberati - Paraná Clube/PR x Sorocaba/SP (Rede Vida)