As melhores teses de doutorado aprovadas em universidades reconhecidas pelo Ministério da Educação (MEC) serão distinguidas anualmente pelo Prêmio Capes de Tese ou pelo Grande Prêmio Capes de Tese. Para concorrer, as pró-reitorias de pós-graduação deverão encaminhar à Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, no máximo, uma tese por área do conhecimento, até 31 de março. O Grande Prêmio concederá diploma, medalha e bolsa de pós-doutorado internacional de um ano, além de outras vantagens. O Prêmio Capes de Tese dará diploma, medalha e bolsa de pós-doutorado nacional de um ano.

Os critérios de premiação serão a originalidade do trabalho, a relevância para o desenvolvimento científico, tecnológico ou social e o valor agregado pelo sistema educacional ao candidato. As melhores teses, em cada modalidade, concorrerão ao Prêmio Capes de Tese, e as vencedoras serão inscritas para o Grande Prêmio Capes de Tese, que vai escolher três trabalhos, um de cada conjunto de grandes áreas. Cada Grande Prêmio receberá o nome de um cientista ilustre, brasileiro ou que tenha sido radicado no Brasil, já falecido, cuja pesquisa se enquadre no conjunto em que a premiação é concedida. A cada ano, serão homenageados novos cientistas. A primeira concessão está marcada para julho, por ocasião da comemoração do 55º aniversário da Capes.