O Campeonato Estadual de Futebol Profissional Série A, temporada de 2006, será disputado por 10 clubes entre os dias 29 de janeiro a 25 de junho. A competição terá fases classificatória e final, principal alteração em relação as duas últimas edições, segundo o Corumba On Line.
O campeão e o vice do Estadual representarão Mato Grosso do Sul no Campeonato Brasileiro de Futebol da Série C e Copa do Brasil, promovidos e organizados pela Confederação Brasileira de Futebol (CBF) em 2006 e 2007, respectivamente. Ao final do Estadual 2006, as oito equipes primeiras colocadas garantem automaticamente vaga para o Estadual da Série A em 2007.
As duas últimas estarão rebaixadas para o Campeonato da Série B. Os quatro melhores classificados na segunda divisão em 2006 subirão para a primeira divisão, que contará com 12 times em 2007.
Participarão da Série A em 2006 os seguintes clube: Centro Esportivo Nova Esperança (Cene); Clube Atlético Mundo Novo; Esporte Clube Águia Negra; Maracaju Atlético Clube; Operário Futebol Clube S/A; Pantanal Futebol Clube; Rio Verde Esporte Clube; Sociedade Esportiva e Recreativa Chapadão; Coxim Atlético Clube e Clube Recreativo Desportivo 7 de Setembro.